Den øverste myndighed er repræsentantskabet, som kan udpege medlemmer til bestyrelsen, og som ved det årlige repræsentantskabsmøde vælger bestyrelsen.

Bestyrelsen vil bestå af 5 - 9 medlemmer, der ligeledes kan udpege medlemmer til bestyrelsen, som derefter vælges af repræsentantskabet. Formanden tegner museet udadtil i samarbejde med den daglige leder. Bestyrelsen for Aarhus Søfarts Museum udøver den overordnede ledelse af museet.

Arbejdet ombord i Aarhus Søfartsmuseum foregår udelukkende med frivillig arbejdskraft - en flok personer, hvoraf mange er pensionister, og som i deres arbejdsliv har haft berøring med skibsfarten, for eksempel som sømand, lods, håndværker, skibsbygger, fisker, havnebetjent, skibshandler eller shippingmand.

Aarhus Søfartsmuseum har fortiden brug for flere frivillige - det være sig pensionister med viden om eller interesse for havn og søfart - eller måske studerende eller uddannede i historie, kultur og turisme.